お写真を拝見しますと次のような病気が考えられます。
①黒腐れ病
名の通り病変部が赤黒くなって腐ってゆきます。
玉型サボテンの場合は根際(ねぎわ)に発生する場合が多いのですが、柱サボテンはこのように胴部に発生するケースがあるようです。
②黒斑病
孔雀サボテン・ウチワサボテン、他の多肉植物の葉に黒い斑点が付きやがて徐々に大きくなってゆき、ところどころ灰色のカビが生えたりします。
③スス病
刺座(トゲざ)に黒いススのようなカビが生えて肌にも広がってゆく病気です。
ワタムシの排泄物にカビが生えて起こるともアリが病原菌を運ぶとも云われてます。
いずれにしろ、どんな処置を施してもお写真のように潰瘍状(クレーター状)になった病変部は治りませんので切除するしかありません。
"胴切り"をなさったのは最善の処置だと思います。
ほとんどの柱サボテンは温暖期に最生育期を迎えますので切り取った上部(挿し穂)の発根は容易でしょう。
台座の方も早ければ今年中にカキ子(子株)が芽吹いて来ます。
切断した際の注意点ですが、水平に切断しただけでは乾燥と共に切断面が凹んで来ます。
図のようにカッターで角(かど)を落として下さい。
乾燥した時点で平(たいら)になるように。
なお、「赤さび病か?」とのお尋ねですが違うようです。
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